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未来5年内WGS会成为遗传疾病基因检测的主流手段吗?

时间:2019-12-26  来源:互联网 

前些日子,和多位朋友聊起现在遗传疾病基因检测的各种小panel很多,在未来5年内会不会被WGS(全基因组测序)替代,不同的人看法不尽相同,我把聊天内容整理了一下,为了对比,此处先简单地分为正反两个阵营,正方认为WGS不会成为主流,反方则认为会,以下欢迎大家补充交流。


正方观点

1. WGS产生的数据可解释性仍然远远不够,基础研究层面还有很长的路要走,在5年内不会有特别明显的突破,临床应用追求的是结果明确,基因突变必须能解释临床表型,而WGS可能会产生一堆意义未明的突变,用来做科研或许可以,用于临床就显得有点太急了,拿捏不好可能会损害患者利益,这就注定了它无法在临床应用中成为主流,借一位朋友的话说:科学上没有解决的问题靠技术是很难解决的。


2. WGS并非万能,有些情况如特定区域WGS并不擅长,所以对于那些WGS不擅长的、基因明确和致病机理清晰的疾病,小panel反而更好,只有那些使用小panel检测结果为阴性的情形才可能需要上WGS。


3. 未来5年内WGS的成本肯定还是要比小panel高,如果所有情形都直接上WGS,无疑会增加患者的经济负担甚至让患者放弃检测,因不少的患者本身就已经手头拮据了,基因检测只是其中一项支出,他们面临的将会是更加巨大的治疗康复费用支出以及家庭负担转移后带来的收入减少问题,所以哪怕只能为他们节省一点点费用也是有所帮助的。

 

4. 遗传疾病由于发病率低,有的医生终其职业生涯也未见得能碰上一例,所以不管如何教育和普及,结果还是无法做到让全国的医生都去学习和掌握,否则就意味着医疗资源的极大浪费,因为医生的学习精力也是一种宝贵资源,医生的精力分配也是一种宝贵资源,不可能简单粗暴地要求所有医生都去学习相关的知识,就算强迫学习,但在实际场景中迟迟碰不到真实病例还是会忘掉,这本身就是反人性的。所以把这些宝贵资源分配给发病率极低的患者,肯定比不上把精力分配给更多的非遗传疾病患者更符合卫生经济学,故最终诊断必然是集中于少数头部医疗机构,要解决的只是如何让患者在最短的时间内到达这些头部机构接受诊疗,而头部医疗机构的医生们经验更加丰富,可以在各种小panel和WGS之间做出合理的选择,既可以兼顾到检出率,也可以兼顾患者经济负担,所以别说是5年,甚至是10年内也一定是各种小panel和WGS并存的状态,不存在谁是主流的说法,都是工具箱中用来解决问题的一种手段而已。


反方观点

1. WGS的成本会持续下降,未来5年内一定会降到和小panel差不多的水平,我们是谈WGS会成为主流,因为它符合更好更多的科技发展趋势,但也并不否定小panel在特定情况下作为补充而存在,以弥补WGS在特定情况下的不足。


2. 目前各种研究在持续开展,各种成果也在陆续发表,随着能够处理更多更复杂的基因数据和表型数据的软件系统的出现,这些软件同时还能及时整合最新的研究成果,它们能够发现靠人的经验无法发现的一些信息或洞见,从而让WGS的价值得以充分体现。临床上碰到疑难案例时,通常需要查找最新研究,而有时候能否找到同行的研究成果直接决定了一个检测报告的定性(阴性或阳性),而这刚好是此类软件系统的优势,一个专业人士不管经验如何丰富,其能处理的数据是有边界的,受制于人的思维机制,通常难以发现深层次的间接联系,更何况一个人的精力是有限的,他能服务的患者数量必然是有限的,培养一个专家耗时耗力,与其把专家们的精力花在选择panel还是WGS上,还不如直接都用WGS,然后利用优秀的软件系统大大提高服务吞吐能力。此外小panel产生的数据毕竟有限,所以它并不一定能代表全部事实,而WGS相对于小panel可以认为是一种大数据思维,所以不排除有些我们此前认为已经明确原因的疾病在WGS的参与下有新的发现,这样的例子在科学史上屡屡发生,每一次当人类以为已经找到了真理但后来发现只不过是下一个科学发现的其中一块拼图而已,所以考虑到行业内目前整体检出率并不算高的现状,WGS不仅可以提高检出率,还可以赋能科学研究探索未知边界,真正做到应用场景反哺科学研究,二者以更加紧密的姿态结合起来互相受益。


3. 尽管头部医院的医生们经验更加丰富,自认为能在各种小panel和WGS之间做出合理选择,但在真实的临床活动中,患者的情况是十分复杂的,医生没有留意到的表型不代表不存在,患者没有交代的也并不意味着不存在,加上外显不全,遗传异质性等原因,几乎没有几个医生敢在每一次检测之前就对自己的判断持完全确定的态度。医生拿到检测结果之后才留意到一些不那么明显的表型、不同突变导致高度相似的表型、甚至同一个患者身上有多种致病突变的例子也时有发生,如果只用小panel,有可能会漏过元凶或者至少是检测结果不够完整,此时如果还要反复检测,患者担负的经济成本和时间成本反而更高,甚至会引发激烈的医患矛盾。


4. 如果除了头部医院以外的其他医院不具备一定的遗传疾病辨别能力,也就无法及时引导患者流向对应的头部医疗机构,这本身就是一个矛盾。更合理的做法应该是借助科技手段把那些相对常见的遗传疾病诊断下沉到全国各地,建立起覆盖全国的遗传疾病诊治网络,如果要求这些下层机构同时维护多种小panel和WGS,必然会增加难度,即便是交给第三方检测,沟通和管理成本也不低,总体上的可操作性并不强。同时如果让患者都流向头部,辗转就医必然会让患者的经济压力增加,而且还可能会延误病情,倒不如让他们在下层就接受检测,既符合患者利益,也符合国家分级诊疗改革的主旋律。头部医院应该更多地是承担研究任务,当下级医院诊断完成或实在无法诊断之后,通过一个全国性的遗传疾病协作网络把病例集中于头部医院(当然事先要患者知情同意),然后为科学研究赋能,为治疗手段的开发赋能,而不是把所有患者都简单粗暴地推向头部机构,既不合理,也不具有可操作性。


5. 遗传疾病的诊治不仅是遗传疾病患者受益,有许多的复杂疾病背后同样有遗传背景,单纯的遗传疾病只是极端状况,所以表面上看是把本来就宝贵的医疗资源分配给了遗传疾病患者,但长期来看同样会让常见病患者受益,不能孤立地区分二者。如果不在下层就把这些发病率低的患者们抓住,他们中有相当一部分会放弃,从而失去了宝贵的研究机会,所以才应该在尽可能接近患者的下层就要把他们纳入到整个遗传疾病诊治网络中来,我们不能仅盯着能否解决眼前患者的问题,还要看到他们对科学研究的价值以及最终能够为复杂疾病患者造福的潜能,目光需要放得更长远一些。


总结

让人深感欣慰的是不管持哪一方观点,大家都没有忘记患者的利益,所不同的只是判断的标准和出发点。透过双方的观点,从某种程度上来看,貌似WGS成为主流检测手段的同时小panel作为补充而存在是大势所趋,只是未必能在5年内实现。此外我认为未来遗传疾病辅助诊断软件在科研和临床应用上都大有可为,当然,这要求软件需要具有处理和挖掘多维大数据的能力,在及时融合最新科研成果和智能化方面必须足够强大,做软件的朋友可以考虑下这个趋势的可能性。当其它软件还停留在通过查库、功能预测等根据明确规则进行推算的时候,若你的软件还能做到及时挖掘融合和智能化,自然就会构建出竞争优势。

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